基金公司内部控制的原则包括五个方面：健全性原则、有效性原则、独立性原则、相互制约原则、成本效益原则。

(一)健全性原则

健全性指内部控制应当包括公司的各项业务、各个部门(或机构)和各级人员，并涵盖到决策、执行、监督、反馈等各个环节。

(二)有效性原则

内部控制的有效性是指内部控制必须讲求效率和效果，所有的控制制度必须得到贯彻执行。

(三)独立性原则

独立性指基金管理人各机构、部门和岗位职责应当保持相对独立，基金资产、自有资产、其他资产的运作应当分离。

(四)相互制约原则

相互制约指基金管理人内部部门和岗位的设置应当权责分明、相互制衡。

(五)成本效益原则

成本效益指基金管理人运用科学化的经营管理方法降低运作成本，提高经济效益，以合理的控制成本达到最佳的内部控制效果。